Шаблон и функции сравнения находятся в файле:

/components/com_jshopping/templates/<шаблон>/compare/compare.php

Для добавления своих опций нужно сделать 2 дейсвия:

1.После блока составления массива характиеристик , нужно добавить свои

$j = 0;
 for ($i = 0; $i < count ($products_arr); $i++) 
 { 
 $product->load($products_arr[$i]);
 $prex=getProductExtraFieldForProductCompare($product); 
 if (empty($prex)) continue;
 foreach ($prex as $key=>$v) 
 {
 $exn[$j] = $v['name'];
 $exv[$j] = $v['value'];
 $j++;
 }
 } 
 $db = JFactory::getDbo();$prodmass=$products_arr;if (count($prodmass)==0) $prodmass[]=0;
 $db->setquery("select * from #__table where product_id in (".implode(',',$prodmass).") ");$dophars=$db->loadobjectlist();
 foreach($dophars as $item)
 {
 $exn[$j] = $item->имя_характеристики;
 $exv[$j] = $item->значение_характеристики;
 $j++;
 }

2.После вывода основных характеристик, дополнительно сделать вывод своих

<td class="extra compare_view_<?php print $product->product_id; ?>">
 <?php 
 $prex=getProductExtraFieldForProductCompare($product);
 if (empty($prex)) {
 print "-"; continue;
 }
 //основной вывод
 foreach ($prex as $key=>$v) 
 {
 
 if ($v['name'] == $ex[$j]) 
 { 
 
 print $v['value'];
 }
 }
 //вывод доп характеристик
 foreach($dophars as $item)
 if ($product->product_id==$item->product_id)
 if ($item->имя_характеристики==$ex[$j]) echo $item->значение_характеристики;
 ?>
 </td>