Для редактирования шапки письма, область где указывается название и адрес компании нужно открыть файл:

/components/com_jshopping/lib/generete_pdf_order.php

Блок в котором размещается массив данных:

function addTitleHead($is_spec=0){
 $jshopConfig = JSFactory::getConfig();
 $vendorinfo = $this->_vendorinfo;
 if (file_exists($jshopConfig->path.'images/'.$this->img_header)){
 $this->Image($jshopConfig->path.'images/'.$this->img_header,1,1,$jshopConfig->pdf_header_width,$jshopConfig->pdf_header_height);
 }
 if (file_exists($jshopConfig->path.'images/'.$this->img_footer)){
 $this->Image($jshopConfig->path.'images/'.$this->img_footer,1,265,$jshopConfig->pdf_footer_width,$jshopConfig->pdf_footer_height);
 }
 $this->SetFont('freesans','',8);
 $this->SetXY(115,12);
 $this->SetTextColor($this->pdfcolors[2][0], $this->pdfcolors[2][1], $this->pdfcolors[2][2]);
 $_vendor_info = array();
 $_vendor_info[] = "Компания ООО ТК-СИТИ"; //Выводим название нащей организации, вместо текста можно вставить $vendorinfo->firma , тогда название возьмется из инфы о магазине
 $_vendor_info[] = "Адрес компании: $vendorinfo->zip Россия, г.Москва"; //Выводим почтовый адрес компании 
 $_vendor_info[] = ", $vendorinfo->adress"; //Выводим город и улицу
 $_vendor_info[] = "Интернет-сайт: $vendorinfo->url, E-mail: Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.;; //Вводим интернет-сайт организации и E-mail
 $_vendor_info[] = "Телефон/Факс: $vendorinfo->phone $vendorinfo->fax"; //Вводим телефон и факс
 $str_vendor_info = implode("\n",$_vendor_info);
 $this->MultiCell(90, 1, $str_vendor_info, 0, 'R'); //Ширина выводимых данных
 $this->SetTextColor($this->pdfcolors[11][0], $this->pdfcolors[0][1], $this->pdfcolors[0][2]);
}

Вы можете заменить значение строк или добавить свои