В ходе работы с данной CMS были выработаны несколько основных подходов:

1.Отключайте tooltips, если в них нет явной необходимости.

Это связано с тем, что часто возникает ошибка выполнения jQuery запроса, который пытается обратиться к функции tooltips, но она еще не успела загрузиться, в итоге перестают работать все пользовательские функции реализованные на JQuery.

Решение в данной статье.

2.Блокируйте или удаляйте стандартные контакты (Компоненты -> Контакты) если в них нет необходимости, но если вы ими пользуетесь, то ставьте captcha.

Данным функционалом могут воспользоваться злоумышлиники и рассылать спам через ваш сайт, для этого достаточно выполнить http запрос к вашему сайту и опубликованному контакту, данный запрос требует указать сущесвующий ID контакта /index.php?option=com_contact&view=contact&id=1 

3.Не публикуйте почтовый адрес в открытом виде, потому что злоумышлинники включат его в спам рассылки.

Методы защиты почты указаны в этой статье 

4.Все формы обратной связи должны с соглашением на обработку персональных данных.

Подробнее в этой статье.

5.Если скачали модуль/плагин/компонент с пиратского сайта, обязательно проверьте код на наличие троянских вставок.

Подробнее в этой статье.