Проверка на существование таблицы:

$db->setQuery("SELECT TABLE_NAME FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES WHERE TABLE_NAME = '#__rad_filecheck_found'");
$res=$db->loadresult();
if (strlen($res)<=0) {$db->setQuery("CREATE TABLE IF NOT EXISTS `#__rad_filecheck_found` (
 `dir` varchar(254) NOT NULL,
 `state` varchar(1) DEFAULT '0', 
 `md5` varchar(100) DEFAULT '0',
 `line` text NOT NULL,
 `exstr` varchar(100) DEFAULT '0',
 `update_time` datetime
) ENGINE=MyISAM AUTO_INCREMENT=1;");
$db->execute();}

Проверка на существование поля:

$db = JFactory::getDbo();
$columns = $db->getTableColumns('#__jshopping_users');
if(!isset($columns['doc'])){$db->setQuery("ALTER TABLE #__jshopping_users ADD doc varchar(50), ADD doc_ser varchar(50), ADD doc_place varchar(200), ADD doc_date varchar(15) ");$db->execute();}