Способы доставки формируются в файле:

components/com_jshopping/templates/default/checkout/shippings.php

Выводится в массиве, ищем код

foreach($this->shipping_methods as $shipping)

И добавляем условия, например тип пользователя:

$user = JFactory::getUser();
$is_opt=!$user->guest;
.....
$conn=false;
foreach($this->shipping_methods as $shipping){
if ($is_opt!='1' and in_array($shipping->sh_pr_method_id,array(1,3,5))) $conn=true;//розница
if ($is_opt=='1' and in_array($shipping->sh_pr_method_id,array(2,3,4))) $conn=true;//оптовые
if ($conn==true){ .... }